大成弁阿闍梨日昭（本山玉沢妙法華寺開山）の法孫日達の弟子、大仙院日耀の開山である。
　開基は、徳川家康の側室、お万の方（養珠院日心大姉）である。元和元年（１６１５）春、東海道原宿の渡辺本陣にお万の方が宿泊されたとき、南無妙法蓮華経のお題目が、聞こえてきた。ただちに本陣渡辺八郎左衛門ともない庵に入り、読経を聴聞されたのち、庵主、地主庄司七左衛門を呼び、この地に一山を構えるように要請した。
　お万の方は、法華経の信者として朝暮に日蓮大聖人の御真影を敬拝していた。この御真影は、日蓮聖人の自点眼尊影として、昌原寺落成のとき駿府城を通じて当山に寄進され寺宝となっている。また、徳川幕府より境内地５反３０畝、大門４０歩のほか、御真影供養料田地１反５畝を賜った。そして元和８年に念願が成就し、寺院を、建立して現在にいたっている。